Nach Jahren des Krieges gegen die monströsen Kaiju erlebt die Welt endlich eine Zeit des Wohlstands und des Friedens – doch die Präsenz der Kaiju ist immer noch spürbar. Mädchen mit den Seelen der Kaiju werden hin und wieder geboren und jedes ist mit den ungewöhnlichen Fähigkeiten der Kaiju...
Während des Zweiten Weltkriegs macht das japanische Schlachtschiff Yamato in der Südsee Jagd auf feindliche Schiffe. Als ein U-Boot geortet wird, befiehlt Yamagami den Angriff. Die Freude über das Versenken des vermeintlichen Kriegsgegners währt jedoch nur kurz, hat man doch einen Abkömmling...
